军人发放避孕套的原因主要有以下几点：

防水保护：避孕套被用作防水引信的密封罩，以防止引信在水下失灵。在需要触发水下爆炸物时，将避孕套套在引信上可以提供快捷的防水方法。此外，避孕套还可以用来保护枪械，防止杂质堵塞枪口，从而避免枪管爆炸的风险。

防止意外怀孕：部队发放避孕套是为了预防意外怀孕，尤其是对于探亲的军官来说，这是军队对官兵的关爱体现。

防止传染病：早期卫生条件不佳时，避孕套的使用可以防止传染病的传播。

应急用途：避孕套在野外生存中可以作为便携、卫生的水容器，以及在受伤时暂时包扎伤口。

爆破训练：在爆破训练中，使用避孕套包裹雷管可以避免雷管受潮，确保爆破效果。

综上所述，军人发放避孕套的原因包括防水保护、预防意外怀孕、防止传染病、应急用途以及在特定训练中的应用。