降为代办级会影响两国在各个领域，特别是经济领域的交流与合作，导致贸易、投资、农产品检验检疫等方面的合作受到限制。

此外，这种降级也会影响两国在政治、外交和人文方面的交流，可能导致双方的信息磋商和政治交流减少，影响两国之间的交流机制和合作项目。在多边场合上，如果涉及立陶宛自身利益的议题，由于政治互信下降，立陶宛可能难以得到中国的支持。