碇源堂的身份是NERV日本总部司令官，还是人类补完委员会和Seele组织的成员，EVA开发计划的总负责人。

但在施行人类补完计划的过程中，Seele希望人类通过"赎罪"来得到"拯救"。

碇源堂和冬月则希望让全人类融合成崭新的生命，也就是"成神之路"。

因为他和Seele的分歧，所以他安排自己的儿子碇真嗣成为EVA初号机驾驶员，而且在破坏“死海文书”中记载的剧情。

同时他希望在人类补完计划实施后与自己的妻子碇唯重逢。