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生活习惯不同

壁虎：在温暖的地区、丛林、沙漠都有分布，以至全世界的热带和亚热带国家地区的各家各户有檐篷小洞的地方都可以发现其踪迹，但由于壁虎是季节性动物，温度于摄氏11度或以下的环境下仍然活动的话就会死去，所以一般在亚热带地区生活的壁虎，每逢冬季就会躲起来冬眠，故此壁虎比较少见于寒带等寒冷地区。

蜥蜴生境各异，生活于地下、地表或高大的植被中，沙漠及海岛中均可见。仅存的海生种为加拉帕戈斯群岛(Galapagos Islands)的海鬣蜥，食海藻。有几种蜥蜴部分水栖，食淡水生物。

对蜥蜴最为重要的环境因素为温度，许多有其最适温度，会晒太阳以升高体温，使之高于气温。生活于寒冷地区的种冬眠。昼长对蜥蜴亦有影响。

外形不同

壁虎体背腹扁平，身上排列着粒鳞或杂有疣鳞。指、趾端扩展，其下方形成皮肤褶襞，密布腺毛，有粘附能力，可在墙壁、天花板或光滑的平面上迅速爬行。

蜥蜴：身体多细长，具长尾，多具4肢，除鼻孔、口、眼及泄殖腔开口外，体表覆以鳞片，一对眼睛和一对耳孔。如无外耳孔，则鼓膜位于表面，有些种于头和体鳞下真皮内有骨鳞。鳞的表面覆以一层角蛋白。

食性不同

壁虎常出现在灯光照射的墙壁上、屋檐下或电杆上，捕食蚊、蝇、飞蛾和蜘蛛等，是有益无害的动物。

蜥蜴：大部分的种类为肉食性，以昆虫、蚯蚓、蜗牛，甚至老鼠等为食。但也有以仙人掌或海藻为主食，或是杂食性的。