纳豆激酶的副作用主要表现在服用了含嘌呤成分的纳豆激酶产品，可能会引起痛风的副作用。

有些人会担心，纳豆激酶可以溶栓，那会不会引起出血等副作用吗？据大量的研究表明，因为纳豆激酶的水解活性与纤溶酶原激活剂t-PA基本相同，所以不会引起出血等副作用。