小肠液中除水和电解质外，还含有粘液、免疫蛋白和两种酶：肠激酶（能激活胰蛋白酶原，见前文）和小肠淀粉酶。

过去认为小肠液中还含有其它各种消化酶，但现已证明，其它各种消化酶并非小肠腺的分泌物，而是存在于小肠粘膜上皮细胞内。

它们是分解多肽为氨基酸的几种肽酶以及分解双糖为单糖的几种单糖酶。

当营养物质被吸收入上皮细胞内以后，这些消化酶继续对营养物质进行消化。

随着绒毛顶端的上皮细胞脱落，这些消化酶则进入小肠液中。

小肠液的作用主要有二：①消化食物，即肠激酶和肠淀粉酶的作用；②保护作用，即弱碱性的粘液能保护肠粘膜免受机械性损伤和胃酸的侵蚀，以及免疫蛋白能抵抗进入肠腔的有害抗原。