《谍海计中计》是一部关于美国中央情报局(CIA)的影片，揭示了中情局如何招募学员、进行间谍训练，以及如何在秘密环境中生存。影片讲述了詹姆斯·克莱顿（由柯林·法瑞尔饰演）的故事，他是中情局最新招募的成员，拥有出色的情报能力和个性，很快引起了资深特工沃尔特·伯克（由阿尔·帕西诺饰演）的注意。沃尔特·伯克私下辅导和训练詹姆斯·克莱顿，教会了他许多间谍游戏的技巧和规则。

在经历了一系列的严酷训练和考验后，詹姆斯·克莱顿被认为是最优秀的。然而，令人意外的是，他在最终公布的成绩中被淘汰，并被要求离开中情局。就在他感到失望和迷茫时，沃尔特·伯克找到他，告诉他实际上并没有被淘汰，而是被选中执行一项秘密任务：潜伏在中情局内，揭露一名企图在中情局从事间谍活动的恐怖分子。同时，他必须与同为新手的女兵莱拉（由布丽姬·穆娜饰演）建立联系，她实际上是在为中情局工作。在执行任务的过程中，詹姆斯·克莱顿对中情局的间谍游戏产生了质疑，并开始怀疑自己是否在参与真实的训练或攸关中情局存亡的危险任务。他逐渐理解到中情局流传的两句话：“不要相信任何人！”和“任何事都不只是表象那么简单！”。

影片中还涉及了一些复杂的情感和道德困境，例如詹姆斯·克莱顿与莱拉之间的感情纠葛，以及他对自己任务的真实性的怀疑。最终，詹姆斯·克莱顿成功地完成了他的任务，揭露了真正的威胁，并揭示了中情局内部的复杂性和危险性。