蛋白质的三维空间结构主要依赖于氨基酸残基侧链基团的相互作用，从而形成蛋白质的天然构象。

一些理化因素如酸，碱，加热，有机溶液，重金属离子等，可影响其链基团的相互作用，从而使蛋白质的空间构象遭到破坏，导致其理化性质改变和生物活性丢失，称之为蛋白质变性。