中编办主要职能有：审核国务院各部门和省级机构改革方案；协调国务院各部门之间以及各部门与地方政府之间的职责分工；审核国务院各部门以及垂直管理部门、派驻地方机构的内设机构、人员编制；研究拟定全国事业单位管理体制和机构改革方案。

审核国务院直属事业单位的机构编制方案。

审批国务院各部门所属事业单位的机构编制等。