杂交水稻是通过传统的育种方法，通过人工杂交技术，将优良性状集中于同一个水稻品种当中。

而转基因水稻则是通过基因工程的手段，将具有某些特殊功能的基因转移到水稻的基因组当中，使其表达出特殊的功能。