朱隽与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但6月至8月也不能攻克，京师有奏议徵朱隽回师，幸而张温上表说情，灵帝才不行。

但朱隽仍急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。

朱隽又因兵少不敌，便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内。

朱隽军鸣鼓攻打西南，黄巾军被引开，朱隽则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人後方，攻入城池，韩忠唯有退保内城。

　　黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。

张超、徐璆和秦颉都认为可以接受，但朱隽认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并急攻敌军，可是数战也不能攻克，朱隽登上土山观望黄巾军，明白黄巾军没有退路，而尽力一战，所以未能攻克。

朱隽便解开围军，韩忠果然出战，被朱隽大破，朱隽向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠投降，秦颉一向与韩忠不和，便将他杀死。

这举动反令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。

朱隽再次急攻，于11月癸巳日，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。

185年春天，班师回京。

　　另一方面，于8月皇甫嵩到达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。

而董卓进攻张角不成功，无功而还，便在乙巳日要求皇甫嵩继续北上。

不过，张角已经病死，在10月於广宗便和张梁战斗，张梁军犟，於首战不能攻克。

在明日，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，於逃走到河堤时溺死的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。

而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。

11月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。

黄巾之乱平息。

　　结果　　乱事虽被平息，但汉室威信遇上一次严重的打击，但汉灵帝没有改革，反而继续享乐。

於各地还不断发生小形叛乱，产生许多分散的势力，如黑山、白波、黄龙、左校、牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力小的也有数千人，势力大的甚至有百万人，如张燕的黑山贼。

　　188年，黄巾军再次发生起义，黄巾余部纷纷起事。

2月，郭太等于西河白波谷起事，攻略太原郡、河东郡等地。

4月，汝南郡葛陂黄巾军再起，攻没郡县。

10月，青州、徐州黄巾军又起，攻略郡县。

11月，汉廷派遣鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾，双方大战于葛陂，鲍鸿军败。

黄巾各部此伏彼起，声势虽然没有第一次黄巾之乱般盛，但却令汉室十分头痛。

　　为了镇压平乱，于188年3月，灵帝接受太常刘焉的建议，将部份刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，让其拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾余部。

而正因汉灵帝下放权力，助长地方军拥兵自重，各群雄互相攻击，逐鹿中原，甚至东汉皇帝在军阀手中如同无物，所以黄巾民变是促使东汉灭亡的导火线，也是三国时代的序幕。

虽然如此，乱事仍造就了大赦党人，令许多文人、官吏得以重新受任。

　　点评　　在组成三十六方、确定起义日期上，张角的确这为黄巾军起了带头作用，但后来却失去了这种有计划性的行动。

他们并没有统一的指挥，张角虽是太平道的领导，却只在冀州转战，没有为其他军团作调控，没有同一目标，只是占地死守或到处抢劫。

加上当友方有难时，各军都不会相救，汉军就用此一个一个击破。

虽然黄巾起义，令天下震动，但因这些原因，黄巾军未能成就推翻汉室的事业。

　　并且黄巾之乱对于东汉末年的政局影响，由於尽快平定战事，因此中央下放军权至地方，使得黄巾之乱无法快速的蔓延至全国，减缓了东汉覆亡的时机。

但是却造成了地方轻视中央，使得具有野心的将领或是官员，藉著在黄巾之乱的兵力割据地方，为东汉末年军阀混战揭开序幕，并为了三国分立种下远因。