直属关区层面张家港是属于南京海关辖区范围的，或者说是属于南京关区的。

从海关业务办理上讲，张家港行政区划范围内除张家港保税港区（一期）和张家港保税港区外的海关业务，是由张家港海关负责办理，其余海关业务是由张家港保税港区海关办理。