展开1全部 现在主要认为蝙蝠是由类似于侏罗兽这样的动物演变进化而得，大部分分子学研究现在支持蝙蝠（翼手目）的单一起源理论，即狐蝠和小型蝙蝠有共同的祖先。

已知最早的蝙蝠化石是有5000万年历史的食指伊神蝠，是在美国怀俄明州发现的。

后来发现德国的麦塞尔湖湖床层内有更完整的蝙蝠化石，这些化石可以追溯到始新世时期，它们的胃里包含有成了化石的昆虫。

这些早期的蝙蝠有许多和现存的小蝙蝠亚目相似，因而很难重现它们进化中的早期阶段，但是它们耳蜗（内耳）的结构表明它们几乎肯定是使用回声定位的。

最早的与大蝙蝠亚目相似的化石，可追溯到大约3500万年前。