京协和医学院不是清华大学医学部，清华大学医学院最终将成为清华大学医学部，届时北京协和医学院与清华大学医学部作为两个实体进行合作，共同建设“北京协和医学院-清华大学医学部”。

　　北京协和医学院不属于清华大学，北京协和医学院只有临床专业与清华大学合作，护理专业、附属医院、临床教学基地和其它均属于北京协和医学院。

清华大学医学院的药学专业、附属医院、临床教学基地和其它均属于清华大学。

　　北京协和医学院临床医学专业的学生和研究生毕业证书和学位证书盖“清华大学”和“北京协和医学院-清华大学医学部”两个公章。

北京协和医学院非临床医学的学生和研究生毕业证书和学位证书盖“北京协和医学院”的公章。

清华大学医学院非临床医学的学生和研究生毕业证书和学位证书盖“清华大学”的公章。